Notiunea de Bonsai a aparut pentru prima data in China in urma cu peste o mie de ani intr-o forma primitiva, numita si pun-sai, si consta in cresterea unui singur specimen de copac in ghivece. Aceste prime incercari aveau un frunzis rarefiat si colturos, un trunchi noduros care adeseori avea forma unui animal, dragon sau pasare. Exista un numar impresionant de mituri si legende despre copacii bonsai chinezesti iar in zilele noastre trunchiurile cu forme hilare sau descriind animale sunt foarte cautate.

Odata cu adoptarea de catre Japonia a multor traditii si obiceiuri din China, arta bonsai a fost de asemenea preluata si introdusa in Japonia in timpul Perioadei Kamakura (1185 - 1333). Data precisa este discutabila, desi este posibil sa se situeze in anul 1195, dupa cum apar si numeroase referiri catre ea in pergamentele acelori vremuri. Odata introdusa in Japonia, arta bonsai a cunoscut o dezvoltare si o rafinare ce nu se poate intalni si in China. De-a lungul timpului, cresterea copacilor pitici nu a fost limitata numai la preotii budisti si templele lor, ci a devenit ulterior reprezentativa si pentru aristocratie - un simbol al prestigiului si onoarei. Idealurile si filosofia bonsai au fost foarte mult schimbate in timp. Pentru japonezi, bonsai reprezinta o fuziune a puternicelor credinte ancestrale cu filosofiile estice ale armoniei dintre om, suflet si natura.
Intr-un vechi pergament japonez din perioada Kamajura se spune: "A aprecia si gasi placere in copacii curbati in mod curios inseamna a iubi diformitatea". Daca aceasta expresie are o semnificatie pozitiva sau negativa este interpretabil, insa ne lasa sa credem ca aceasta crestere a copacilor pitici si distorsionati in vase speciale a fost acceptata ca o practica in randurile clasei superioare a Japoniei din perioada Kamakura. In jurul secolului al XIV-lea, bonsai a fost privita ca o extrem de variata forma de arta, ceea ce inseamna ca a trebuit sa existe practica o indelungata si bine pusa la punct in anii anteriori.

Micii copaci bonsai au fost adusi in interior pentru a fi aratati la diverse ocazii de catre "elita japoneza" si au devenit cu timpul o parte importanta a vietii japoneze. Aceste plante complexe nu au mai fost crescute exclusiv in spatii deschise desi au continuat sa fie aduse din natura salbatica. In secolele XVII si XVIII, arta japoneza a cunoscut un maximum de intensitate si odata cu aceasta si bonsai a evoluat catre o si mai inalta intelegere si un nivel de finete ridicat (cu toate acestea, vasele speciale in care erau crescuti copacii bonsai erau mai adancite decat cele care sunt folosite azi). Notiunea cea mai importanta in bonsai in acele vremuri a fosr reducerea tuturor partilor importante ale plantei la elementele sale esentiale, element simbolic al intregii filosofii japoneze a vremii. In aceasta perioada, notiunea de bonsai s-a raspandit rapid si in randurile populatiei de rand, crescand foarte mult cererea de copaci pitici adusi din locurile salbatice si transformati intr-o forma de arta inglobata in cultura si traditiile Japoniei.

Dupa o vreme, arta bonsai a inceput sa prinda diferite nuante, diferentele intre acestea fiind din ce in ce mai mari. Artistii bonsai au introdus treptat si alte elemente culturale, cum ar fi pietre, plante suplimentare, chiar si mini-cladiri si oameni... Aceasta directie originara in bonsai este cunoscuta sub numele de bon-kei. De asemenea, au fost reproduse peisaje intregi in miniatura, arta ce poarta numele de sai-kei.